There are many ways to create a node_modules directory. Your goal must be to create the most strict one but if that is not possible, there are options to make a loose node_modules as well.

Новые пользователи pnpm часто спрашивают меня о странной структуре node_modules которую создает pnpm. Почему она не плоская? Где находятся все под-зависимости?