フラットな node_modules が唯一の方法ではありません

pnpm の新規ユーザーから、pnpm が生成する node_modules の奇妙な構造についてよく聞かれます。なぜ平坦な構造を使用しないのでしょうか。依存のさらにその依存はどこにあるのでしょうか。